En el año 2007 los Institutos de Investigación del SINA, PNN, el entonces MAVDT y el IGAC publicaron el primer mapa de ecosistemas continentales, costeros y marinos con el cual contó el país, a escala 1:500.000. Sin embargo, dada la necesidad que tiene el país de contar con información actualizada y detallada sobre el estado de sus ecosistemas, estas  mismas instituciones aunaron sus esfuerzos desde el 2011, a través del convenio  4206, para generar el primer mapa de ecosistemas continentales, costeros y marinos de Colombia a escala 1:100.000 para Colombia. Este proceso se abordó, definiendo desde el principio nuestra unidad de interés, EL ECOSISTEMA, definición adoptada en la Convención de Diversidad Biológica CDB como ¿Complejo dinámico de comunidades vegetales, animales y de microorganismos en su medio no viviente, que interactúan como una unidad funcional materializada en un territorio, la cual se caracteriza por presentar una homogeneidad, en sus condiciones biofísicas y antrópicas¿. Es así como, la agrupación de los ecosistemas determinados según la superposición de la información disponible de clima, geopedología y coberturas de la tierra, se hizo con base en la clasificación de biomas, generada por el IDEAM y asociada a las unidades bióticas desarrolladas por el Instituto Alexander von Humboldt. Con ello se buscó tipificar cada una de las unidades, dentro de las macrounidades ambientales del país. Paralelamente, el INVEMAR, desarrollo el mapa de ecosistemas marinos del país y esta información fue adicionada a toda la continental, para así completar la primera versión del mapa antes mencionado.

Con la información disponible y el proceso de integración del mapa nacional definido, se pudo elaborar una aproximación a las unidades ecosistémicas, a través de una estructura jerárquica que va desde los Grandes Biomas, los Bioma, hasta los Ecosistemas. Como resultado de todo este arduo trabajo, hoy podemos afirmar que Colombia tiene 91 tipos de ECOSISTEMAS GENERALES, distribuidos de la siguiente manera:

• Marinos 7 naturales.
• Costeros continentales e insulares: 13 naturales y 2 transformado,
• Terrestres continentales e insulares:25 naturales y 17 transformados,
• Acuáticos 25 naturales y 2 transformado,

El país cuenta con una gran diversidad de ecosistemas, en el cual aún permanecen mayoritariamente las áreas naturales, aunque el porcentaje de transformación sigue aumentando. En general, con respecto a su área, los espacios insulares son más trasformados, ya que es mucha más el área trasformada que la que permanece natural. Por contrario, los menos trasformados parecen ser los acuáticos y costeros, mientras que en los terrestres tenemos casi la tercera parte ya transformados.

La experiencia generada en el proceso de construcción del mapa de ecosistemas,  permitió generar una segunda versión con información de cobertura correspondiente al periodo 2010-2012, con lo cual se ha dado el primer paso para el monitoreo del área de los ecosistemas del país. Estos resultados y la dinámica social que se ha presentado en los últimos años, ha generado la necesidad de contar con información de una mejor resolución espacial y temporal que nos permita replantear el monitoreo de los ecosistemas en el país. Es así como el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible y los Institutos de Investigación del SINA, tienen como propósito el diseño y puesta en marcha el ¿Programa de Monitoreo de Ecosistemas en Colombia" a través de la incorporación de ciencia y tecnología de punta a dicho monitoreo. El programa permitirá:

• Aumentar la capacidad de la comunidad científica colombiana relacionada con la investigación y el monitoreo de ecosistemas para alcanzar avances científicos y contribuir a la gestión eficaz y el uso sostenible de ecosistemas de Colombia.
• Establecerá enfoques coherentes y coordinados para el monitoreo de los ecosistemas, con el fin de mejorar la capacidad de Colombia para entender y manejar ecosistemas estratégicos.
• Permitirá mejor comprensión e interpretación de los cambios ambientales, a través del desarrollo de componentes  específicos para generar datos a diferentes escalas espaciales, temporales y de información, en un proceso continuo de investigación de ecosistemas.
• Dinamizará el SIAC en la generación de indicadores para los diferentes niveles de integración ecológica.